حاسبة الوزن الجزيئي للبروتين
الفئة: علم الأحياءيتم حساب الوزن الجزيئي للبروتين باستخدام مجموع الكتل النظيرية المتوسطة لبقايا الأحماض الأمينية:
\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]
حيث:
- \(n_i\) = عدد كل حمض أميني في التسلسل
- \(MW_i\) = الوزن الجزيئي لكل حمض أميني
- \(n_{peptide}\) = العدد الإجمالي لروابط الببتيد
- \(MW_{H_2O}\) = الوزن الجزيئي لجزيء الماء (18.02 دالتون)
ما هو حاسبة الوزن الجزيئي للبروتين؟
تساعد حاسبة الوزن الجزيئي للبروتين في تحديد الوزن الجزيئي للبروتين بناءً على تسلسل أو تركيب الأحماض الأمينية. كما تحسب خصائص إضافية مثل النقطة الكهربية النظرية (pI)، معامل الانقراض، الكارهية للماء (درجة GRAVY)، والشحنة الصافية عند pH 7.
كيفية استخدام الحاسبة
تقدم الحاسبة طرقًا متعددة لإدخال بيانات البروتين:
- طريقة التسلسل: أدخل تسلسل البروتين باستخدام رموز الأحماض الأمينية ذات الحرف الواحد.
- طريقة التركيب: أدخل يدويًا عدد كل حمض أميني.
- خيارات متقدمة: تطبيق تعديلات مثل الأسيتيل، الروابط ثنائية الكبريت، أو التعديلات الطرفية.
الميزات الرئيسية
- تحسب الوزن الجزيئي بالدالتون (Da) والكيلودالتون (kDa).
- تحدد pI النظرية بناءً على قيم pKa للأحماض الأمينية.
- تحسب معامل الانقراض لامتصاص الأشعة فوق البنفسجية عند 280 نانومتر.
- تقدر الكارهية للماء باستخدام درجة GRAVY.
- تأخذ في الاعتبار التعديلات المخصصة مثل الفسفرة، الميثلة، والأميدة.
لماذا يعتبر الوزن الجزيئي للبروتين مهمًا؟
معرفة الوزن الجزيئي للبروتين أمر حيوي لـ:
- تحليل الرحلان الكهربائي (SDS-PAGE، الترحيل الغربي).
- تحديد الطيف الكتلي.
- تنقية البروتين والكروماتوغرافيا.
- الدراسات الهيكلية والوظيفية.
أسئلة متكررة
كيف يتم حساب pI النظري؟
النقطة الكهربية (pI) هي الرقم الهيدروجيني الذي يكون عنده البروتين بلا شحنة صافية. يتم حسابها باستخدام معادلة هندرسون-هاسيلبالش:
\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]
ما هو معامل الانقراض؟
يتم حساب معامل الانقراض باستخدام عدد بقايا التريبتوفان (W)، التيروزين (Y)، والسيستين (C):
\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]
كيف تتعامل الحاسبة مع التعديلات؟
تسمح الحاسبة لك بتطبيق تعديلات ما بعد الترجمة المختلفة، والتي تضاف إلى أو تُطرح من الوزن الجزيئي للبروتين.
ما هي درجة GRAVY؟
درجة الكارهية الكبرى (GRAVY) هي مقياس لكارهية البروتين للماء. يتم حسابها كالتالي:
\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]
لماذا يتم تضمين جزيء الماء في الحساب؟
كل تشكيل لرابطة ببتيدية يؤدي إلى فقدان جزيء ماء واحد، لذا يتم تعديل الكتلة الإجمالية وفقًا لذلك.
الخاتمة
تعتبر حاسبة الوزن الجزيئي للبروتين أداة قيمة للباحثين والطلاب في الكيمياء الحيوية وعلم الأحياء الجزيئي. سواء كنت تحلل هيكل البروتين، أو تجري تجارب، أو تفسر النتائج، توفر هذه الأداة الخصائص الجزيئية الأساسية بسرعة ودقة.
علم الأحياء الآلات الحاسبة:
- حاسبة تردد الأليل
- حاسبة العشب
- حاسبة حمل الخيول
- حاسبة معدل نمو السكان
- حاسبة وراثة فصيلة الدم
- حاسبة جودة حياة القطط
- حاسبة تكلفة جز العشب
- حاسبة حمل الفرس
- آلة حساب الوقت المضاعف
- حاسبة تغذية الكلاب
- حاسبة طعام الكلاب النيء
- حاسبة عدد الماشية لكل فدان
- حاسبة عمر القطط
- حاسبة فترة حمل الأبقار
- حاسبة إنتاج الذرة
- حاسبة عمر الكلاب
- حاسبة دورة حرارة الكلاب
- حاسبة حجم الكلب
- حاسبة توازن هاردي-واينبرغ
- حاسبة درجة انصهار الحمض النووي
- حاسبة حمل الكلاب
- حاسبة سمية الشوكولاتة للكلاب