حاسبة درجة انصهار الحمض النووي
الفئة: علم الأحياءاحسب درجة انصهار الحمض النووي (Tm) للأوليغونيوكليوتيدات باستخدام طرق مختلفة.
تسلسل الحمض النووي
طريقة الحساب
ما هو حاسبة درجة انصهار الحمض النووي (DNA)؟
حاسبة درجة انصهار الحمض النووي هي أداة تساعد في تقدير درجة الحرارة التي ينفصل عندها خيط الحمض النووي إلى خيطين مفردين. تُسمى هذه الدرجة بدرجة الانصهار (Tm). إنها عامل مهم في العديد من تقنيات المختبر التي تتضمن الحمض النووي، مثل تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، والتزاوج، وتصميم المجسات.
من خلال إدخال تسلسل الحمض النووي واختيار إحدى طرق الحساب المتعددة، توفر الأداة قيمة Tm وتقترح درجة حرارة تزاوج مثالية للتجارب.
الصيغة المستخدمة
Tm = 2°C × (A + T) + 4°C × (G + C)
Tm = ΔH / (ΔS + R × ln(c / 4)) − 273.15
Tm = 81.5 + 16.6 × log₁₀[Na⁺] + 0.41 × (%GC) − 600 / الطول
كيفية استخدام الحاسبة
استخدام الحاسبة بسيط وبديهي. إليك كيفية البدء:
- أدخل تسلسل الحمض النووي الخاص بك (5' إلى 3') في مربع النص المقدم.
- اختر طريقة حساب:
- أساسي (والاس): للتسلسلات القصيرة التي تقل عن 14 قاعدة.
- الجوار الأقرب: أكثر دقة للتسلسلات الأطول أو المعقدة.
- معدل بالملح: يأخذ في الاعتبار تركيز الملح في المحلول.
- إذا كنت تستخدم الطريقة المعدلة بالملح، أدخل تركيز الملح بالمليمول.
- حدد تركيز البرايمر بالميكرومول (يستخدم لطريقة الجوار الأقرب).
- استخدم مربعات الاختيار لاختيار ما إذا كنت تريد عرض تفاصيل الصيغة والخيط التكميلي.
- انقر على احسب Tm لرؤية النتائج الخاصة بك.
أمثلة على الحسابات
إليك بعض المدخلات النموذجية وما يمكنك توقعه من الحاسبة:
مثال 1: تسلسل قصير باستخدام الطريقة الأساسية
- تسلسل الحمض النووي: ATGCATGCATGC
- الطريقة: أساسي (والاس)
- نتيجة Tm: 36°C
- درجة حرارة التزاوج: 31°C
مثال 2: تسلسل أطول مع الجوار الأقرب
- تسلسل الحمض النووي: AGTCCGATCGATCGGATCGA
- تركيز البرايمر: 0.25 μM
- الطريقة: الجوار الأقرب
- نتيجة Tm: ~60.5°C
- درجة حرارة التزاوج: ~55.5°C
مثال 3: الطريقة المعدلة بالملح
- تسلسل الحمض النووي: GCGCGCGCGCGC
- تركيز الملح: 100 mM
- الطريقة: معدل بالملح
- نتيجة Tm: ~72.3°C
- درجة حرارة التزاوج: ~67.3°C
لماذا تعتبر هذه الحاسبة مفيدة
فهم درجة انصهار الحمض النووي أمر أساسي لتصميم تجارب علم الأحياء الجزيئي الناجحة. تبسط هذه الحاسبة هذه العملية من خلال توفير تقديرات Tm سريعة وموثوقة بناءً على تسلسلك وظروفك المحددة.
تشمل الفوائد الرئيسية:
- تساعدك على اختيار درجة الحرارة المناسبة لخطوات تزاوج PCR.
- توفر محتوى GC والوزن الجزيئي لتسلسل الحمض النووي الخاص بك.
- تصور خيط الحمض النووي وزوجه التكميلي لفهم أفضل.
- تدعم طرقًا مختلفة لتناسب أطوال التسلسلات المختلفة واحتياجات التجارب.
الأسئلة الشائعة (FAQ)
ما هي درجة الانصهار (Tm)؟
درجة الانصهار هي النقطة التي يصبح عندها نصف جزيئات الحمض النووي في عينة ما خيطًا مفردًا. إنها تعكس استقرار ثنائي الحمض النووي.
أي طريقة حساب يجب أن أختار؟
- أساسي (والاس): الأفضل للتسلسلات القصيرة (أقل من 14 زوج قاعدي).
- الجوار الأقرب: مثالي لحسابات أكثر دقة تتضمن تسلسلات أطول.
- معدل بالملح: استخدم عند العمل مع تسلسلات أطول وتركيزات ملح متغيرة.
ما هو محتوى GC؟
يشير محتوى GC إلى النسبة المئوية للغوانين (G) والسيتوزين (C) في تسلسل الحمض النووي. عادةً ما يعني محتوى GC الأعلى درجة انصهار أعلى.
ما هي درجة حرارة التزاوج المثلى؟
هذه هي درجة الحرارة الموصى بها لارتباط برايمرات الحمض النووي بخيط القالب أثناء PCR. وعادةً ما تكون 5–10°C أقل من Tm.
هل يمكنني استخدام هذا للتسلسلات RNA أو المختلطة؟
لا، هذه الأداة مخصصة فقط لتسلسلات الحمض النووي. لا تدعم RNA أو التسلسلات التي تحتوي على قواعد غير واضحة.
الخاتمة
تعتبر حاسبة درجة انصهار الحمض النووي أداة قيمة للباحثين والطلاب الذين يعملون مع الحمض النووي. إنها تبسط جزءًا مهمًا من تصميم التجارب، حيث تقدم نتائج سريعة ومفيدة مع خيارات تناسب احتياجاتك المحددة.
علم الأحياء الآلات الحاسبة:
- حاسبة تردد الأليل
- حاسبة العشب
- حاسبة حمل الخيول
- حاسبة معدل نمو السكان
- حاسبة وراثة فصيلة الدم
- حاسبة جودة حياة القطط
- حاسبة تكلفة جز العشب
- حاسبة حمل الفرس
- آلة حساب الوقت المضاعف
- حاسبة تغذية الكلاب
- حاسبة طعام الكلاب النيء
- حاسبة عدد الماشية لكل فدان
- حاسبة عمر القطط
- حاسبة فترة حمل الأبقار
- حاسبة إنتاج الذرة
- حاسبة عمر الكلاب
- حاسبة دورة حرارة الكلاب
- حاسبة حجم الكلب
- حاسبة توازن هاردي-واينبرغ
- حاسبة حمل الكلاب